No existen grandes zonas de inundación como los esteros del Iberá (Corrientes ) o los bañados de La Estrella (Formosa), aunque se presentan algunos grandes esteros como el Chajá. Existen también algunas lagunas permanentes de importancia como la Laguna Limpia.
Los principales ríos son el Bermejo y el Paraguay-Paraná (únicos navegables). Entre los ríos interiores pueden destacarse el río Negro y el Tapenagá, que recorren buena parte de la provincia. También es muy importante el río Bermejito, un afluente del Bermejo, que forma con el Teuco un interfluvio donde se asienta una de las principales poblaciones aborígenes del país. El caso del río Bermejo es muy particular, ya que su recorrido varió con el tiempo y dejó numerosos cauces muertos, algunos de los cuales son invadidos por la vegetación y otros, ocupados por nuevos cursos de agua. La mayoría de los ríos de la región tienen sus serpenteantes caminos sobre antiguos cauces de este río.
En una desesperada búsqueda de agua, durante una de las recurrentes sequías que castigaban la región, en la década de 1920 se descubrieron aguas termales a 80 m de profundidad, en la zona de Sáenz Peña (centro de la provincia), las cuales cuentan con excelentes propiedades minerales para el tratamiento de enfermedades. Con estos descubrimientos, se llegó a la conclusión de hasta dónde se extendía el Acuífero guaraní.
